Das Mehl in eine Schüssel geben. Die Eier hineinschlagen, mit 1 TL Salz und etwas Muskat würzen und mit den Knethaken des Handrührgeräts oder einem Kochlöffel zu einem zähflüssigen Teig kräftig verrühren, bis er Blasen wirft. Nach Bedarf ein wenig kaltes Wasser zufügen. Der Teig sollte reißend vom Kochlöffel fallen. Etwa 10 Minuten ruhen lassen.

Die Zwiebeln schälen und in Ringe schneiden. Das Öl mit der Butter in einer Pfanne erhitzen und die Zwiebelringe darin bei mittlerer Hitze langsam 10–12 Minuten goldbraun braten.

Einen breiten Topf mit Wasser (bis etwa 4 cm unter den Topfrand) aufstellen, salzen und zugedeckt aufkochen lassen.

Käse reiben. Spätzleteig portionsweise durch eine Spätzlepresse oder mit dem Spätzlehobel ins kochende Wasser drücken. Aufkochen lassen, einige Male umrühren und wenn alle Spätzle an der Wasseroberfläche schwimmen, mit einem Schaumlöffel abschöpfen. Abtropfen lassen und in eine ofenfeste Pfanne oder Auflaufform geben. Mit etwas Käse bestreuen, Zwiebeln darauf verteilen und auf diese Weise alle weiteren Spätzle einschichten. Mit einer Schicht Käse und einigen Zwiebeln abschließen und im vorgeheizten Backofen bei 160 °C (Umluft: 140 °C; Gas: Stufe 2) 5–10 Minuten heiß werden und den Käse schmelzen lassen.

Mit Schnittlauch bestreut servieren.